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Se estima que las islas se formaron hace 350 millones de años como resultado de actividad meteórica en el fondo marino.
El archipiélago estuvo probablemente habitado mucho tiempo atrás: El explorador Thor Heyerdahl en 1963 reportó haber encontrado restos arqueológicos de los incas y algunos objetos considerados.

Las islas Galápagos fueron descubiertas por azar el 10 de marzo de 1535, cuando el religioso dominico Fray Tomás de Berlanga, entonces obispo de Panamá, se dirigía al Perú en cumplimiento de un encargo del monarca español, Carlos V, para arbitrar en una disputa entre Francisco Pizarro y sus subordinados luego de la conquista del imperio Inca. A causa de una calma chicha y las fuertes corrientes marinas, la nave del obispo fue arrastrada hasta las Galápagos. En la crónica de su aventura, dirigida desde Portoviejo al emperador Carlos V acerca del descubrimiento de las Islas Galápagos, Berlanga describía las inhóspitas condiciones prevalecientes en las desérticas islas, así como las gigantescas tortugas que las habitaban. También describió las iguanas marinas, los lobos marinos y muchos tipos de aves, recalcando la inusual mansedumbre de los animales y que expresaba en las siguientes palabras:
Traxo el navío muy buen tiempo de brisas siete días, que haziase el piloto cerca de la tierra e diones calma seis días; eran tan grandes las corrientes, que nos engolfaron de tal manera, que miércoles en diez de marzo, vimos una isla; e porque el navío no había más agua que para dos días, acordaron de echar la barca e salir a tierra por agua e yerba para los caballos. … E salidos no hallaron sino lobos marinos, e tortugas e galápagos tan grandes que llevaban uno un hombre encima, e muchas higuanas que son como sierpes. Otro día vomos otra isla mayor ques aquella e de grandes sierra, e creyendo que allí por su grandeza como por su monstruosidad que no podía dejar de tener ríos e frutas, fuiemos a ella, porque la primera baxaria diez o doce leguas, e en esto bebiose el agua quen navío abia e estuvimos tres días en tomar la isla, con calmas, en los quales allí los ombres como los caballos padecimos muchos trabajos.
Los primeros mapas en incluir las islas fueron los preparados por Abraham Ortelius y Mercator alrededor de 1570. Las islas estaban descritas como "Insulae de los Galopegos" (Islas de las Tortugas).

Las Galápagos fueron utilizadas por piratas ingleses como escondite en sus viajes de pillaje a los galeones españoles que llevaban oro y plata de América hacia España. El primer pirata que se conoce visitó las islas fue Richard Hawkins, en 1593. Desde entonces hasta 1816 muchos piratas llegaron al archipiélago.

Alexander Selkirk, el hombre cuyas aventuras en las islas de Juan Fernández inspiraron a Daniel Defoe para escribir Robinson Crusoe, visitó las Galápagos en 1708 luego de que fuera rescatado de la isla Juan Fernández por el corsario Woodes Rogers. Rogers fue al archipiélago para reparar sus naves luego de saquear Guayaquil.
La primera misión científica que visitó las Galápagos fue la expedición Malaspina, una expedición española dirigida por Alejandro Malaspina, que llegó en 1790. Sin embargo, los registros de la expedición nunca llegaron a ser publicados. En 1793, James Collnet describió la flora y fauna de las islas y sugirió que podían ser utilizadas como base para los balleneros que operaban en el océano Pacífico. Collnet también dibujó las primeras cartas de navegación de las Galápagos. Los balleneros capturaron y sacrificaron miles de tortugas del archipiélago para extraer su aceite. Las tortugas podían sobrevivir por meses sin alimento ni bebida, por lo que se las transportaba en los barcos a manera de alacenas vivientes que al ser sacrificadas proveían proteína fresca a los marinos. La cacería de estas tortugas fue la causa de la gran disminución, y en algunos casos hasta la destrucción de ciertas razas de este quelonio. Junto con los balleneros, llegaron los cazadores de focas peleteras, lo cual llevó a las tortugas a un punto cercano a su extinción.
Ecuador anexó las islas Galápagos el 12 de febrero de 1832 bajo el gobierno del General Juan José Flores, bautizándolas como Archipiélago de Colón. Este nombre se sumó a varios otros que se habían venido utilizando, y que en algunos casos aún se usan para referirse al archipiélago. El primer gobernador de las Galápagos, el general José de Villamil, trajo al archipiélago a un grupo de convictos para poblar la isla Floreana (bautizada así en honor al presidente Flores quien ocupó las islas) y en octubre de 1832 algunos artesanos y granjeros se les unieron.
El viaje del Beagle trajo al barco de investigación británico bajo el mando del capitán Robert FitzRoy a Galápagos el 15 de septiembre de 1835 para investigar los accesos a los puertos. El capitán y otros a bordo, incluyendo el joven naturalista Charles Darwin, realizaron un estudio científico de la geología y biología en cuatro de las islas antes de continuar su expedición alrededor del mundo el 20 de octubre. El gobernador de la colonia de presos en Floreana (¿José de Villamil?) dijo a Darwin que la caparazón de las tortugas difería dependiendo de su isla de origen. Igualmente, luego de su retorno a Inglaterra, Darwin se dio cuenta que los especímenes de aves que había capturado en las Galápagos no eran sino variedades de pinzones, que también diferían de isla a isla. Estos datos fueron cruciales en el desarrollo de la teoría de la evolución]] que Darwin presentó en su El Origen de las Especies.
José Valdizán y Manuel Julián Cobos hicieron otro intento de colonización, dedicándose a la explotación de un tipo de liquen que se recolectaba en las islas (Roccella portentosa) y que se usaba como colorante. Luego del asesinato de Valdizán por parte de sus trabajadores, Cobos llevó del continente un grupo de más de cien trabajadores a la isla San Cristóbal para desarrollar una plantación de caña de azúcar. Dirigió su plantación con mano de hierro lo cual llevó a su asesinato en 1904. Desde 1897 Antonio Gil inició otra plantación en la isla Isabela.
Durante todo un año, a partir de septiembre de 1904, una expedición de la Academia de Ciencias de California, al mando de Rollo Beck, estuvo en las islas recopilando material científico en áreas de geología, entomología, ornitología, botánica, zoología y herpetología. Otra expedición de la misma Academia se llevó a cabo en 1932 (Expedición Templeton Crocker) para coleccionar insectos, peces, conchas, fósiles, aves y plantas.
Durante la Segunda Guerra Mundial Ecuador autorizó a Estados Unidos el establecimiento de una base naval en la isla Baltra y estaciones de radar en otras ubicaciones estratégicas con el fin de monitorear el Canal de Panamá. En 1946 se estableció en Isabela una colonia penal, que fue desmantelada en 1959.
La Unesco declaró a las Islas Galápagos como Patrimonio Natural de la Humanidad en 1979 y, seis años más tarde, como Reserva de la Biosfera (1985), lo cual ha resultado en un creciente interés a nivel internacional por este archipiélago.
En el 2007 la Unesco declaró a las Islas Galápagos como Patrimonio de la Humanidad en riesgo medioambiental y está incluida en la Lista del Patrimonio de la Humanidad en peligro.

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